Beim Magenbypass kommt sowohl das Prinzip der Restriktion (Verkleinerung der Portionsgröße) als auch das Prinzip der Malabsorption (Verschlechterung der Nahrungsaufnahme) zum Tragen.
Der Magen wird wenige Zentimeter unterhalb des Mageneingangs vom restlichen Magen abgetrennt und eine kleine Magentasche (Magenpouch) gebildet, die auf ein Fassungsvermögen von ca. 30-40 ml begrenzt ist.
Zusätzlich wird der Dünndarm durchtrennt, um eine Umleitung zu bilden. Durch diesen Schritt wird der obere Dünndarm aus dem Nahrungsweg herausgenommen. Die Nahrung kann nicht mehr vollständig verwertet und aufgenommen werden.